מטרת הלימודים היא להקנות ללומדים ידע מקיף בתרבויות המזרח הקדום בכלל וארץ ישראל בפרט ולהכשירם לעבודה ארכיאולוגית בשדה, במוזיאונים ובמחקר מדעי. בסיום הלימודים ניתן להשתלב במקומות עבודה רבים כדוגמת: רשות העתיקות, רשות שמורות הטבע והגנים הלאומיים, מוזיאונים, חברות לארכיאולוגיה חוזיות, תפקידי ייעוץ והדרכה בגופים שונים, וכן במוסדות מחקר בארץ ובעולם.
אחד המאפיינים הבולטים של תכנית הלימודים הוא השילוב של לימודי כיתה ולימודי שטח, הפעילות בשטח כוללת סיורים וסקרים במהלך שנת הלימודים, וחפירה לימודית בסיומה. קיימים במחלקה תחומי לימוד ייחודיים, הכוללים את שלושת המדורים הבאים: פרהיסטוריה, הארכיאולוגיה של תקופת המקרא, התקופה הקלאסית.
בין הקורסים הנלמדים: מוצא האדם וראשית התרבות האנושית, ההיסטוריה של הארכאולוגיה, ראשית הציוויליזציה, מציידים לקטים לרועי צאן בדרום א"י, מיקרוארכיאולוגיה ועוד.