לחוג למחשבת ישראל שתי מטרות מרכזיות: האחת היא עיון בספרות המחשבה היהודית לדורותיה, והשנייה היא עידוד הלומדים לעיצוב אמונותיהם והשקפותיהם, תוך התמודדות עם אתגרי זמננו בתחום.
תכנית הלימודים בחוג שואפת להעמיד בפני הלומדים מפה מסודרת של ההגות היהודית לדורותיה, לאור בחינת מקורותיה וזיקתה אל ההגות הכללית. מבנה התכנית מבוסס על הכרת התקופות והזרמים במחשבת ישראל, תוך הדגשת ההמשכיות בצד החידוש המתמיד.
מבנה תכנית הלימודים בחוג מבוסס על שלוש חטיבות מרכזיות: הגות ימי הביניים, הגות העת החדשה וחסידות. בנוסף לכך קיימים במסגרת החוג קורסים בתחומים אחרים בהגות היהודית שאינם נכללים בחטיבות אלו כגון: מחשבת חז"ל, הגות והלכה, או קורסים הדנים בסוגיה אחת לאורך מספר תקופות. כמו כן קיימים בחוג קורסים בתחומים המשיקים למחשבת ישראל, הנדרשים כרקע או כהרחבה מתחום הפילוסופיה הכללית.