המסלול לתואר שני ולתואר שלישי בביואנפורמטיקה, מבוסס על שיתוף פעולה בין החוגים לביולוגיה אבולוציונית ומדעי המחשב באוניברסיטת חיפה, ומאפשר לתלמידי מחקר להתמחות בביואינפורמטיקה עם דגש אבולוציוני. התואר יקנה כלים תיאורטיים ומעשיים המשמשים למחקר הביואינפורמטי. ילמדו כלים מתחומים כגון למידה חישובית, הסקה סטטיסטית, אלגוריתמים והסתברות, המשמשים למחקר בגנומיקה, גנטיקה, פרוטאומיקה, פילוגנזה, ועוד.
קורסים והתמחויות: ביולוגיה מערכתית, ביולוגיה מבנית חישובית, גנטיקה וגנומיקה סטטיסטית, אלגוריתמים בביולוגיה חישובית, אבולוציה אורגניזמית, ביוכימיה לביואנפורמטיקאים, שיטות פילוגנטיות, קודים גנטיים.