תכנית הלימודים לתואר שני במחשבת ישראל מקיפה את היצירה היהודית לדורותייה.
בין נושאי הלימוד: טקסטים תלמודיים, ארץ ישראל בהגות ובהלכה בתקופת המשנה והתלמוד,כתיבה אוטוביוגרפיץ יהודית לפני העת החדשה,ביוגרפיה תלמודית מיתוס או מציאות, סוגיות בפילוסופיה של המשפט- ממסופוטמיה ועד התלמוד ועוד.