הלימודים של תואר שני בפסיכולוגיה באוניברסיטת חיפה, מתנהלים בתשע מגמות:
קלינית, קלינית-חינוכית, תעסוקתית-ארגונית, קלינית במסלול נוירופסיכולוגי, התפתחותית, קוגניטיבית וגורמי אנוש, פסיכוביולוגיה, תכנית בפסיכולוגיה קלינית חינוכית למגזר הערבי.
כמו כן מתקיימים לימודים במסלול אישי בפסיכולוגיה חברתית ובתכנית לימודים אישית.
הלימודים מתנהלים במסלול הדורש כתיבת עבודת גמר מחקרית (תזה), בנוסף לקורסים, לסמינרים ולפרקטיקום הנדרש על ידי כל מגמה ומסלול.