מהנדס האנרגיה הינו בעל הבנה מערכתית טכנו-כלכלית רחבה בכל שרשרת תהליכי האנרגיה. החל מהפקתה ממקורותיה הקלאסיים והמתחדשים, דרך המרתה (לאנרגיה חשמלית), הולכתה וחלוקתה לצרכנים ועד לצריכתה אצל משתמש הקצה. מהנדס האנרגיה הינו האחראי על ניהולם של משאבי האנרגיה העומדים לרשותו וניצולם היעיל, ומבין היטב את ההיבטים הכלכליים, הטכניים והרגולטוריים הכרוכים בהם.
התכנית ללימודי תואר שני בהנדסת אנרגיה (.M.Sc ) באפקה מקנה לבוגריה את היכולות והכלים הנדרשים להובלת שוק האנרגיה, מן ההפקה ועד הצריכה, בכל אחד מתפקידיו של מהנדס האנרגיה. התכנית תעניק לבוגריה ידע מעמיק בכלל נושאי האנרגיה עם בסיס טכנולוגי ומעשי נרחב.